Historia

ZAPISKI Z PIERWSZEJ CZĘŚCI
Barman Desmond Miles zostaje porwany przez firmę Abstergo Industries, które wykorzystuje go jako obiekt testowy w "Animusie", specjalnym urządzeniu, które umożliwia odtwarzanie wspomnień przodków. Abstergo umieszcza Desmonda – jak się okazuje,  siedemnasty już obiekt z kolei - w maszynie, by odczytać pamięć Altaira Ibn-La'Ahada, członka Bractwa Asasynów z czasów Trzeciej Krucjaty w Ziemi Świętej w 1191 roku. Desmond ma problemy z dostosowaniem się do urządzenia, ale w końcu udaje mu się przeżyć ponownie życie Altaira w ciągu kolejnych kilku dni. 
Jak dowie się w przerwach pomiędzy sesjami w Animusie, odległa przeszłość ma o wiele więcej wspólnego z teraźniejszością, niż mogłoby się wydawać na pierwszy rzut oka. Konflikt między Asasynami i Templariuszami, w którym uczestniczył Altair, trwa do dziś, zaś Abstergo jest współczesną emanacją Rycerzy Świątyni. Lucy Stillman, asystentka doktora Warrena Vidica, wraz z nim obsługująca Animusa, z czasem okaże się sprzymierzeńcem Desmonda, członkiem istniejącego do dziś Bractwa Asasynów, co sygnalizuje mu przez ukrycie serdecznego palca, by wyglądał na ucięty (tak naznaczony był Altair). Jak się okazuje, Lucy zajmowała się badaniem pamięci genetycznej, napisała nawet na ten temat pracę magisterską, została jednak wyśmiana w środowisku naukowym. Nigdzie nie mogła znaleźć zatrudnienia do czasu, aż skontaktował się z nią doktor Vidic, który zaproponował jej pracę w Abstergo. Przyjęła propozycję bez wahania. Rozpoczęła badania nad narzędziem do ekstrakcji pamięci genetycznej, czyli właśnie Animusem. Gdy wydawało się już, że zakończyła prace, Abstergo postanowiło ją zlikwidować, jednak Vidic uratował jej życie. 

Desmond odwzajemnia się opowiedzeniem swojej historii. Jak się okazuje, jego rodzice wychowywali go na farmie i przez całe dzieciństwo straszyli Templariuszami, którzy jednak nigdy nie przyszli. Miles, przekonany, że jego krewni są niespełna rozumu, uciekł z pustkowia do bliżej nieokreślonego miasta, gdzie został barmanem. 

Gdy Desmond przebywa uwięziony w budynku Abstergo, Asasyni próbują go odbić, by zapobiec zdobyciu przez Templariuszy danych zawartych we wspomnieniach Altaira. Próby te jednak kończą się fiaskiem.

Samego Altaira poznajemy w chwili, gdy próbuje ukraść skarb ukryty w podziemiach Świątyni Salomona. Wraz z nim na misję wyruszają dwaj inni członkowie Bractwa - Malik i jego brat, Kadar. Altair nie przebiera w środkach, zabił niewinnego starca, którego spotkał na drodze. Pech chce, że na miejscu pojawiają się także templariusze, wraz z Wielkim Mistrzem Zakonu - Robertem de Sable. Altair, ufny w swe siły, rusza do ataku, łamiąc tym samym trzy zasady Kreda Asasynów: 1. Nie zabijaj niewinnych 2. Działaj w ukryciu 3. Nie narażaj Bractwa - jednak przegrywa. W walce ginie Kadar, Malik zostaje ranny w lewą rękę, która później zostanie amputowana. Kiedy Altair powraca z przeprosinami do twierdzy Asasynów, Masjafu, Malik, który ku zaskoczeniu Altaira przeżył, również tam dociera, wraz z artefaktem. Przeklina jego arogancję i pała do niego nienawiścią, ponieważ obwinia go o śmierć brata. 

Templariusze postanawiają odzyskać skradziony im artefakt i atakują Masjaf. Bractwo dzielnie stawia opór najeźdźcom, a wszystko po to, by niewinni mieszkańcy zdołali ukryć się za murami twierdzy. Templariusze, napotkawszy brak oporu w wiosce, zbliżają się do murów, chcąc przystąpić do oblężenia. Zostają jednak wciągnięci w pułapkę. Altair zrzuca na nich drewniane bale z wieży. Niedobitki Rycerzy Świątyni uciekają w popłochu. 
Chociaż Altair wykazał się w bitwie męstwem i sprytem, kara go nie mija. Staje przed chmurnym obliczem Al Mualima, przywódcy Asasynów. Starzec dokonuje egzekucji mężczyzny. Wydaje się, że to już koniec Altaira Ibn-La'Ahada... 

Jednak to, co miało być końcem, okazuje się nowym początkiem. Al-Mualim postanawia dać Altairowi jeszcze jedną szansę. Degraduje go do najniższego w bractwie stopnia nowicjusza i zabiera mu większość sprzętu, daje mu jednak możliwość odkupienia win. Pierwszym krokiem jest odzyskanie zaufania Al-Mualima. Żeby to zrobić, Altair musi znaleźć zdrajcę, który wpuścił do wioski templariuszy. Bohater odnajduje kilka wskazówek, które doprowadzają go do demagoga wykrzykującego dziwne rzeczy. Przyprowadza go przez Al-Mualima, który kończy jego nędzny żywot. Okazuje się, że to dopiero początek drogi do odkupienia win. 

Zadaniem Altaira jest zabicie dziewięciu osobistości działających w Ziemi Świętej, zamieszkujących w Jerozolimie, Akce i Damaszku. Wszystkie te postacie przyczyniły się do wybuchu i rozprzesteniania się wojny, znanej jako Trzecia Krucjata. Ich śmierć ma sprawić, że w zniszczonej Ziemi Świętej zapanuje w końcu pokój. 

Pierwszym celem Altaira jest Tamir, handlarz bronią, działający w dzielnicy biedoty w Damaszku. Właśnie szykuje dużą dostawę dla zamożnego, ale póki co nieznanego klienta. Zabójca przybywa na suk Al-Silaah, gdzie przebywa kupiec. Jest świadkiem egzekucji starca, który nie wywiązał się z poleconego mu zadania. Tamir dźga staruszka nożem, po czym wrzuca ciało do fontanny, jako przestrogę dla innych - żeby zastanowili się dokładnie, zanim powiedzą, że czegoś nie można zrobić. Kupiec idzie nadzorować prace innych ludzi, Altair wykorzystuje jego nieuwagę i pozbawia go życia. Przed śmiercią Tamir mówi jeszcze, że był inny niż pozostali handlarze bronią, że służył lepszej sprawie. Poucza także zabójcę, przestrzega go przed pychą. Jego słowa sprawiają, że młody Asasyn zaczyna mieć wątpliwości... 

Kolejną osobą zagrażającą pokojowi w Ziemi Świętej okazuje się być Garnier de Naplouse, Wielki Mistrz Zakonu Szpitalników w Akce. Człowiek ten znany jest z okrutnych eksperymentów, jakie przeprowadza na swoich pacjentach. Altair dostaje się do szpitala Naplouse'a i obserwuje, jak podczas obchodu zbliża się on do pacjenta, który próbuje uciec. Nakazuje połamać mu nogi, by uniemożliwić mu ucieczkę. Asasyn zabija Szpitalnika, ten jednak, zanim wyzionął ducha, stwierdził, że pomagał tym ludziom, że dzięki nim wielu z nich, chorych, najbiedniejszych, powróciło do zdrowia i dziękowało mu; że za pomocą tych krwawych metod pragnął uwolnić ludzi z więzień ich własnych umysłów. 

Po śmierci Garniera de Naplouse'a nadszedł czas, aby ostrze dosięgło człowieka dostarczającego mu obiektów doświadczalnych, handlarza niewolnikami - Talala, działającego w Jerozolimie. Z polecenia okrutnego szpitalnika łapał ludzi chorych i szalonych, społeczne wyrzutki, a następnie wysyłał ich do Akki, do swego mocodawcy. Altair dowiaduje się, że Talal przetrzymuje uwięzionych w magazynie w bogatej dzielnicy miasta. Gdy dociera na miejsce, handlarz zaczyna uciekać. Po długim pościgu, Asasyn dopada swoją ofiarę na oczach mieszkańców Jerozolimy. Podobnie jak dwa poprzednie cele, tak i ten znajduje dla swojego postępowania usprawiedliwienie. W ostatnich chwilach przed śmiercią wyznaje, że ludziom, których sprzedawał, nie udało się w życiu, i że wysyłał ich do miejsca, gdzie miało być im lepiej.

Po wykonaniu tych trzech zleceń Altair powraca do Masjafu, by zdać relację Al-Mualimowi. Dzieli się z nim wątpliwościami, jakie zasiały w jego sercu słowa każdej z trzech ofiar. Starzec jednak uspokaja go, twierdząc, że były to osoby zaślepione przez zło. Młody Asasyn awansuje w hierarchii i odzyskuje część utraconego sprzętu. Ponadto, dostaje nazwiska kolejnych trzech osób, które należy zlikwidować. 
Pierwszym z nich jest Abu'l Nuqoud z Damaszku, zwany też królem kupców. Żyje w przepychu i rozpuście, gardzi ubogimi mieszkańcami miasta, czerpiąc przyjemność z patrzenia na to, jak umierają w mękach. Altair odnajduje go w jego pałacu, w którego ogrodach wydaje on przyjęcie dla "szlachetnych ludzi Damaszku". Po uroczystej przemowie króla kupców, z fontanny zaczyna wypływać wino. Abu'l proponuje toast za szczodrość ludzi, a gdy zostaje on spełniony, oskarża ich o nienawiść i hipokryzję, po czym oznajmia, że wino zostało zatrute, co stanowić ma jego zemstę. Żeby upewnić się, że nikt nie opuści przyjęcia żywy, nakazuje swoim ludziom zabić wszystkich, którzy spróbują uciec. W powstałym zamieszaniu Asasyn dociera do króla kupców i kończy jego żywot. Przed śmiercią mężczyzna twierdzi, że przyłączył się do spisku, żeby budować nowy, lepszy świat, a nie po to, żeby się zemścić. Porównuje swoje czyny do pracy Altaira, wzbudzając w nim wątpliwości. 
Następne zlecenie prowadzi nas do Akki. Tym razem śmierć pisana jest Williamowi z Montferratu, regentowi sprawującemu w mieście władzę pod nieobecność Ryszarda Lwie Serce. William to sprawny administrator i błyskotliwy dowódca, za jedyne prawo uważa siłę. Trenuje swoich ludzi bez wytchnienia, żeby wyrobić w nich dyscyplinę. Zabierał jedzenie mieszkańcom miasta i gromadził w oczekiwaniu na lepsze czasy. Al-Mualim podejrzewał, że planuje on zabić Ryszarda Lwie Serce, by uzyskać tron Akki dla swego syna. Altair odnajduje Williama w Królewskiej Cytadeli, gdy ten rozmawia z królem Ryszardem. Po odjeździe Plantageneta, z którym wdał się w sprzeczkę, regent zaczyna wyładowywać swoją złość na podwładnych. Asasyn, który obserwował całe zajście, ukrywając wśród tłumu, eliminuje łuczników, a następnie dociera do cytadeli, gdzie William wygłasza mowę do żołnierzy, próbując zachęcić ich do cięższej pracy. Tam właśnie dopada go Altair. Umierając, mężczyzna wyjawia, że pragnął przekazać władzę nad miastem templariuszom, nie swojemu synowi.
Po zlikwidowaniu Williama Asasyn wyrusza do biednej dzielnicy Jerozolimy, aby zlikwidować regenta Majd Addina, rządzącego w imieniu Saladyna. Trzymał on miasto w żelaznym uścisku, próbując sobie podporządkować każdy aspekt życia mieszkańców za pomocą wydanych przez siebie edyktów. Ci, którzy się nie podporządkowali, zostawali publicznie straceni. Właśnie podczas jednej z takich egzekucji Altair odnajduje despotę i zatapia w jego boku swe ostrze. Tyran, wiedząc, że umiera, wyznaje, że uwielbiał władzę i strach, który wzbudzał, że dołączył do Templariuszy dlatego, by móc kontrolować Jerozolimę.
Po zlikwidowaniu tych trzech osób Altair powraca do Masjafu, by zdać relację ze swoich działań. Otrzymuje kolejne trzy zlecenia i ponownie odzyskuje część sprzętu.

Wielki Mistrz Krzyżaków, Sibrand, po śmierci swoich współspiskowców wpadł w paranoję - wiedział, że Asasyni na niego polują i jak pokaże przyszłość, nie mylił się, gdyż to on właśnie stanie się kolejną ofiarą Altaira. Gdy młody zabójca go odnajduje, Sibrand oskarża jednego z uczonych o przynależność do Bractwa Asasynów i zabija go, a następnie udaje się na swój statek. Altair dociera do niego i pozbawia go życia. W ostatnich słowach przed śmiercią Krzyżak zdradza swój plan, wyjaśnia, że rekwirował statki, by utworzyć morską blokadę i uniemożliwić posiłkom wezwanym przez króla Ryszarda dotarcie na miejsce.
Assasyn powraca do Damaszku, by zabić Jubaira al Hakima, przywódcę Oświeconych. Jubair pragnie zniszczenia nauki, ponieważ uważa, że ogranicza ona ludzi. Każe swoim ludziom gromadzić książki i dokumenty, a następnie palić je w miejscach publicznych. Altair dociera do medresy Al-Kallasah, gdzie właśnie odbywa się taki spektakl. Jednak okazuje się, że różne osoby nadzorują prace w różnych częściach miasta. Zabójcy udaje się odnaleźć swój cel i go zlikwidować.
Ostatni cel - Wielki Mistrz Zakonu Templariuszy, Robert de Sable. Altair raz już się z nim spotkał - w jaskini pod Jerozolimą, gdy próbował zdobyć ukryty tam skarb. Robert ma być gościem na pogrzebie jednego z poprzednich celów Altaira, Majd Addina, który ma odbyć się w Jerozolimie. Asasyn dociera na miejsce i wtapia się w tłum. Ostrze już ma dosięgnąć Roberta, zakutego w zbroję od stóp do głów, kiedy się okazuje, że to nie on, a... podstawiona osoba! Co więcej, okazuje się, że to kobieta. Wychodzi na jaw, że żałobnicy byli przygotowani na przybycie zabójcy i zastawili pułapkę. Altair wychodzi z niej zwycięsko i puszcza niewiastę wolno, ponieważ nie była ona jego celem. Nie przypuszcza, że ich losy jeszcze kiedyś się zejdą i że stanie się ona w jego życiu naprawdę ważną osobą. 
ltair nie ma czasu na zdanie relacji Al Mualimowi i rusza z kopyta pod Arsuf - miejsce spotkania dwóch armii, krzyżowców i Saracenów, gdyż tam właśnie udał się de Sable. Na miejscu bohater zmuszony jest walczyć z chrześcijańskimi rycerzami, aż dociera do Roberta i Ryszarda Lwie Serce, dowodzącego wojskami krzyżowców. Asasyn usiłuje przekonać króla, że grozi mu niebezpieczeństwo, że templariusz chce pozbawić go władzy, jednak monarcha nie daje wiary jego słowom. Robert de Sable twierdzi, że chrześcijanie i muzułmanie powinni się zjednoczyć przeciwko wspólnemu wrogowi - Asasynom, którzy zabijali osoby stojące po obu stronach barykady. Ryszard postanawia, aby pojedynek rozstrzygnął, kto ma rację. Robert de Sable i Altair Ibn-La'Ahad stają do walki, którą wygrywa ten ostatni. Przed śmiercią Robert wyjawia Asasynowi, że jego mentor, Al-Mualim, również jest Templariuszem i że wykorzystał Altaira, by zlikwidować swoich wspólników i zachować skarb dla siebie.

Młody Asasyn wyrusza do Masjafu, by stanąć twarzą w twarz ze swoim mistrzem. Jednak już od bram twierdzy jest atakowany przez swoich pobratymców. Z trudem dociera do siedziby Al-Mualima. Ten wyjawia mu, że Fragment Edenu, który zdobył Malik w podziemiach Świątyni Salomona, potrafi tworzyć niezwykle silne iluzje w umysłach ludzi, przeciwko którym zostaje wykorzystany. Wyjaśnia, że wszystkie cuda i ponadnaturalne zdarzenia, takie jak plagi egipskie, przejście Izraelitów przez Morze Czerwone czy obecność bogów greckich podczas wojny trojańskiej spowodowane są właśnie iluzjami, wytworzonymi za pomocą Fragmentu Edenu. Al-Mualim chciał zahipnotyzować wszystkich i zrobić im pranie mózgu, by zakończyć wojnę znaną jako Trzecia Krucjata. Jednak artefakt nie działa na Altaira - młody Asasyn z jakichś powodów jest na nie odporny. Starzec unieruchamia swojego ucznia za pomocą Fragmentu, a następnie chce zabić, postanawia jednak dać Altairowi możliwość sprawdzenia się w walce. Wysyła przeciwko niemu iluzje przedstawiające jego ofiary, a następnie własnych sobowtórów. Jednak dzięki Wzrokowi Orła Asasyn dostrzega wśród fałszywych przeciwników prawdziwego Al-Mualima i zabija go. Następnie próbuje podejść, by zniszczyć artefakt, lecz zamiast tego, aktywuje go... i pokazuje się mapa z zaznaczonymi lokacjami innych Fragmentów Edenu. 
W tym momencie Desmond zostaje odłączony od Animusa. Przez głośniki rozlega się głos jakiegoś wysoko postawionego pracownika Abstergo, który nakazuje go zlikwidować. Jednak Lucy zapobiega temu, mówiąc, że być może Miles jeszcze do czegoś się przyda. Następnie wraz z Vidicem wychodzą, zostawiając mężczyznę samego. Ten odkrywa, że zdobył umiejętność swojego przodka - Wzrok Orła (jak się później okaże, dzięki tzw. Efektowi Krwi). Za jego pomocą odkrywa zapiski, zrobione krwią przez swojego poprzednika, Obiekt 16. 
ZAPISKI Z DRUGIEJ CZĘŚCI

Desmond Miles jest przetrzymywany przez Abstergo. Spędził wiele godzin w Animusie, zaczyna coraz wyraźniej odczuwać jego wpływ na swój organizm. Odkrywa tajemnicze symbole pozostawione przez jego poprzednika, Obiekt 16, w pokoju gdzie był przetrzymywany. Desmond widzi owe znaki dzięki Orlemu Wzrokowi. Nie może jednak przyjrzeć się im, gdyż wraca Lucy i zmusza go do ponownego skorzystania z Animusa. Podczas krótkiej sesji następuje wyszukanie jednego ze wspólnych przodków Obiektu 16 i Desmonda. Okazuje się nim być Ezio Auditore da Firenze, włoski szlachcic z okresu renesansu. Lucy przerywa synchronizację i zbiera rdzeń pamięci Animusa należącego do Abstergo, po czym wspólnie z Desmondem ucieka z siedziby firmy. W drodze do wyjścia przechodzą przez wielką salę pełną innych Animusów. Po kilku trudnościach opuszczają parking Abstergo.
Wbrew oczekiwaniom Desmonda, to nie koniec jego przygody. Lucy zawozi go do jednej z kryjówek współczesnych Asasynów. Namawia go, by kontynuował sesje w Animusie, by dzięki Efektowi Krwi stał się w pełni wyszkolonym Asasynem. Desmond przystaje na jej propozycję. Spotkają pozostałych członków zespołu: Rebeccę Crane i Shauna Hastingsa. Po zainstalowaniu rdzenia pamięci zabranego z Abstergo, Desmond zostaje podłączony do nowego Animusa i rozpoczyna synchronizację wspomnień kolejnego ze swoich przodków.
Ezio Auditore, siedemnastoletni mieszkaniec Florencji, przewodzi grupie swoich przyjaciół w bójce z bandą, której hersztem jest Vieri de' Pazzi. Awantura kończy się zwycięstwem zwolenników rodziny Auditore, lecz Ezio w wyniku lekkiej rany zyskuje charakterystyczną bliznę na ustach. Wraz z bratem Federiciem odwiedza medyka, po czym wygrywa braterski wyścig na dach pobliskiego kościoła. Decyduje się odwiedzić Cristinę Vespucci i spędza z nią noc. Rankiem Ezio ucieka przed ojcem dziewczyny i tak trafia w końcu do domu, gdzie spotyka swojego ojca, Giovanniego Auditore, i wykonuje zlecone mu zadanie. Ezio pomaga też pozostałym członkom rodziny. Dzięki matce poznaje Leonarda da Vinci, rozprawia się z niewiernym narzeczonym siostry i na prośbę brata, Petruccia, zbiera orle pióra z okolicznych dachów. Wróciwszy, spotyka ojca w towarzystwie Uberto Alberti. Giovanni powtórnie wysyła syna, by załatwił dla niego kilka spraw. Gdy Ezio wraca, zastaje dom zdemolowany. Od służącej Annetty dowiaduje się o aresztowaniu jego ojca i dwóch braci pod zarzutem zdrady. Nakazuje dziewczynie ukryć swoją matkę i siostrę w bezpiecznym miejscu. Potem kieruje się do Palazzo Della Signoria, gdzie potajemnie kontaktuje się z uwięzionym ojcem. Zgodnie z jego poleceniem, po powrocie do domu Ezio zabiera z gabinetu Giovanniego asasyńskie szaty, broń i dokumenty świadczące o niewinności rodziny Auditore, które następnie przekazuje Uberto Alberti. Przyjaciel obiecuje mu pomoc w wyjaśnieniu tego "nieporozumienia", lecz okazuje się być zdrajcą. Podczas porannej egzekucji zaprzecza, by posiadał jakiekolwiek dowody, w wyniku czego Giovanni i jego synowie, Federico i Petruccio, zostają powieszeni. Młody Auditore przysięga pomścić swych bliskich, ale sytuacja zmusza go do ucieczki. 
Rozpoczyna się nowy etap w życiu Ezio. Dzięki wskazówkom Annetty trafia do domu publicznego, gdzie ukrywają się jego matka i siostra. Poznaje właścicielkę owego przybytku, Paolę, która uczy go wtapiać się w tłum i kraść. Za jej radą Ezio udaje się do Leonarda da Vinci, który z pomocą strony Kodeksu naprawia stare Ukryte Ostrze Giovannego. Dzięki nowym umiejętnościom i broni, młodemu Auditore udaje się podejść Uberto Alberti i brutalnie zabić go na oczach tłumu, dokonując zemsty. Po ucichnięciu sprawy, Ezio razem z siostrą i matką opuszcza swoje rodzinne miasto, Florencję. 
Docierają do Monteriggioni, gdzie wpadają na bandę, której przewodzi Vieri de' Pazzi. Z opresji ratuje ich wuj Ezia, Mario Auditore. Udziela im schronienia w rodzinnej willi i rozpoczyna intensywne szkolenie bratanka, wyjawiając mu jednocześnie prawdę o odwiecznej wojnie Asasynów i Templariuszy oraz o roli ich rodziny w tej walce. Początkowo opowieść Maria nie przekonuje Ezia do zostania we Włoszech, lecz młodzian szybko reflektuje się i postanawia pomóc w ataku na San Gimignano, siedzibę Pazzich. Wdarłszy się do miasta, młody Auditore jest świadkiem spotkania, w którym biorą udział Vieri de' Pazzi, jego ojciec Francesco, Jacopo de' Pazzi oraz Rodrigo Borgia. Ustalają oni szczegóły jakiegoś planu, lecz Ezio nie wie, o co chodzi. Nawet pokonany Vieri przed swą śmiercią nie wyjawia mu prawdy. Osiągnąwszy cel ataku, Mario i jego bratanek wracają do swej willi.Ezio decyduje się przejąć dzieło ojca i zostać prawdziwym Asasynem. Postanawia zabić Francesco de' Pazzi. Deklaruje, że zbierze wszystkie strony Kodeksu oraz odrestauruje Monteriggioni. Mario pokazuje mu sanktuarium wybudowane pod willą i ukrytą w nim zbroję Altaira. Następnie Ezio wraca do Florencji. 
Odwiedza Leonarda, dzięki któremu uczy się nowych technik zabijania. Za jego radą kontaktuje się z La Volpe. Złodziej wskazuje Ezio podziemia kościoła Santa Maria Novella jako miejsce spotkania Templariuszy. Auditore podsłuchuje w katakumbach rozmowę spiskowców planujących obalenie Medyceuszy. Wychodząc z podziemi, trafia na jeden z grobowców Asasynów i zdobywa pierwszą z pieczęci, dzięki którym później zdobędzie zbroję Altaira. Następnego dnia Ezio idzie pod Duomo i jest świadkiem zamachu. Ratuje Lorenzo de' Medici, a później ściga i zabija Francesco de' Pazzi. Na widok jego martwego ciała Jacopo de' Pazzi ucieka. Ezio za radą Lorenzo udaje się do Toskanii, gdzie z pomocą ludzi wuja Maria odnajduje i zabija czterech popleczników zbiega. Dzięki nim ustala miejsce jego pobytu i śledzi go aż do ruin teatru. Tam dochodzi do konfrontacji pomiędzy spiskowcem, a Rodrigiem Borgią i Emiliem Barbarigo z Wenecji. Ostatecznie Jacopo de' Pazzi zostaje zamordowany, a pozostali Templariusze znikają. 
Ezio wraca do Florencji i uzgadnia z Lorenzo, że powinien udać się do Wenecji. Rusza w drogę i spotyka na szlaku Leonarda da Vinci, który również przenosi swój warsztat do Wenecji. W czasie wspólnej podróży powozem zostają napadnięci i rozdzielają się. Ezio rozprawia się z wysłannikami Templariuszy i samotnie dociera do Forli. W porcie ponownie spotyka przyjaciela, lecz wychodzi na jaw, że Asasyn nie posiada glejtu i nie może wsiąść na statek. Nagle dobiega go wołanie o pomoc. Ezio ratuje z opresji kobietę, która okazuje się być samą Cateriną Sforzą. W ramach wdzięczności rozkazuje ona kapitanowi statku zabrać Asasyna na pokład. Przyjaciele udają się do Wenecji. 



Sesja w Animusie dobiega końca. Koledzy z zespołu tłumaczą Desmondowi, że długie przebywanie w urządzeniu niesie ryzyko skutków ubocznych. Lucy zapewnia go, że robi wielkie postępy i organizuje mu mały test sprawnościowy. Desmond ma krótkotrwałe halucynacje związane z realiami poznanymi w Animusie. Wkrótce zwidy nasilają się i wywołują u niego dziwny sen, w którym powraca do wspomnień Altaira. Średniowieczny Asasyn ściga swój cel po fortyfikacjach Akki i dogania go na szczycie wieży. Uciekinierem jest Maria Thorpe. Ku zaskoczeniu Desmonda kobieta okazuje się być kochanką Altaira i matką jego dziecka, a także przodkiem samego Milesa. Gdy ten ostatni zostaje później obudzony przez Rebeccę, nie wspomina nikomu o dziwnym śnie. Rozpoczyna się kolejna sesja w Animusie.

Ezio i Leonardo przybywają do Wenecji i odbywają wycieczkę po mieście. Na targu są świadkami agresji strażników, oglądają pałac Emilio Barbarigo odpowiedzialnego za szykanowanie wolnych kupców. Odprowadziwszy przyjaciela, Ezio wraca pod ów pałac i obserwuje nieudany atak złodziei na siedzibę Emilio. Daje się wciągnąć w walkę, pomagając rannej złodziejce, Rosie, i jej towarzyszom dotrzeć do ich kryjówki. Tam poznaje Antonio, przywódcę frakcji weneckich złodziei, i razem planują ponowny atak. W międzyczasie Asasyn doskonali swe umiejętności wspinaczki i pomaga nowym przyjaciołom przegrupować się po niedawnej porażce. Organizuje przebranie dla ludzi Antonia i pozbywa się łuczników, przez co umożliwia kolejny atak. Z pomocą złodziei dostaje się do siedziby Emilio i zabija go, podsłuchawszy jego rozmowę z Carlo Grimaldim. 
Asasyn zyskuje nowy trop. Śledzi Carlo i jest świadkiem jego spotkania z Silvio Barbarigo, Marco Barbarigo i Dante Moro. Po chwili dołącza do nich Rodrigo Borgia i wyjawia im plan otrucia doży Mocenigo najbliższej nocy. Gdy zebranie dobiega końca, Ezio i Antonio, chcąc ocalić dożę, bezskutecznie próbują znaleźć drogę dostępu do jego pałacu. Asasyn wpada na pomysł, by wykorzystać machinę latającą Leonarda. Dzięki niej Auditore dociera do siedziby doży. Jest jednak za późno, by ocalić otrutego Mocenigo. Carlo próbuje umknąć, zwalając winę na Ezio, lecz ten dogania go i zabija, a później ucieka z pałacu. 
Oskarżony o zamordowanie doży Asasyn odwiedza Leonarda. Przyjaciel majstruje dla niego ukryty pistolet, obdarowuje karnawałową maską i odsyła do niejakiej siostry Teodory. Wskazane miejsce okazuje się być domem publicznym, w którym bywa Antonio. Ezio wspólnie ze złodziejem i kurtyzaną obmyśla plan pozbycia się nowego doży, Marco Barbarigo. Asasyn musi zdobyć złotą maskę, wejściówkę na jego prywatne przyjęcie. W tym celu bierze udział w turnieju i wygrywa, pokonawszy konkurentów. Mimo to nie otrzymuje nagrody. W wyniku przekupstwa, maska trafia do Dante Moro. Za radą Teodory Ezio kradnie mu drogocenny fant i dociera na przyjęcie doży. Mimo trudności udaje mu się zabić Marco Barbarigo, wykorzystując ukryty pistolet. 
Za radą Antonio i Agostino, nowego doży, Ezio postanawia dobrać się do skóry Silvio Barbarigo, który zajął L'Arsenale. Aby zyskać cennego sojusznika, uwalnia z rąk straży Bartolomeo D'Alviano, przywódcę najemników. Zgodnie z opracowanym planem, na dany znak jego ludzie odciągają uwagę Silvio, dzięki czemu Asasyn może uderzyć. Walka przenosi się do portu, gdzie Ezio zabija Barbarigo i Dante Moro. Dowiaduje się, że zamieszanie z dożą miało tylko odwrócić jego uwagę od wyprawy Templariuszy na Cypr. 
Dzięki Rosie Ezio poznaje datę powrotu statku. Z pomocą Leonarda dochodzi do wniosku, że jego wrogowie szukają krypty, o której mowa w Kodeksie. Przywiezienie przez nich do Wenecji Fragmentu Edenu ma spowodować ujawnienie się proroka, który otworzy ową kryptę. Asasyn postanawia im przeszkodzić. Udaje się do portu i śledzi cenną przesyłkę, a później zastępuje posłańca. Eskortowany przez żołnierzy dociera przed oblicze Rodrigo Borgii i ujawnia się. Templariusz oświadcza, że to on sam jest prorokiem i rozpoczyna się nierówna walka. Z pomocą Ezio przychodzą jego przyjaciele: wuj Mario, La Volpe, Antonio i Bartolomeo. Udaje im się odbić Fragment Edenu. Gdy Borgia ucieka, zjawiają się jeszcze Paola, Teodora i Niccolo Machiavelli, który wyjawia, że wszyscy oni są Asasynami. Inicjują ceremonię na szczycie wieży, podczas której Ezio staje się pełnoprawnym członkiem Bractwa. 
Desmond gwałtownie zrywa się z Animusa, lecz chce natychmiast wznowić odczytywanie wspomnień. Shaun przypomina sobie, że Rodrigo Borgia został w 1492 roku wybrany na papieża, co znacznie wpłynęło na przeżycia Ezio.
Leonardo pomaga Asasynom zbadać Fragment Edenu, lecz niewiele udaje im się ustalić. Postanawiają ukryć go w Forli, u Cateriny Sforzy. Ezio i Niccolo spotykają się z nią poza murami. Niespodziewanie miasto zostaje zaatakowane przez braci Orsi, najemnych zbirów na usługach Rodrigo Borgii. Przyszli oni po mapę położenia stron Kodeksu oraz Fragment Edenu. Asasynom udaje się utrzymać cytadelę, lecz dwójka dzieci Cateriny wpada w ręce zbirów. Kobieta prosi Ezio, by je ocalił, a ona będzie pilnować artefaktu. Auditore ratuje najpierw małą Biancę, a potem Ottaviano, zabijając jednego z braci Orsi, Ludovico. W tym czasie Checco zaatakował kryjówkę Cateriny i odebrał jej Fragment Edenu. Ezio zdążył jeszcze dorwać go i zabić, lecz sam został ranny i stracił artefakt na rzecz tajemniczego mnicha bez palca. Doszedłszy do siebie pod opieką Cateriny, Asasyn wszczyna krótkie śledztwo w opactwie i dowiaduje się o niejakim Savanaroli. Trop prowadzi go do Florencji. 
W rodzinnym mieście Ezia trwają zamieszki. Spotkawszy się z Niccolo, dowiaduje się, że ścigany przezeń mnich przejął za pomocą Jabłka kontrolę nad Florencją. Okazuje się, że tylko rajcy i niektórzy ważni mieszkańcy zostali omamieni mocą artefaktu, a zwykli mieszczanie sprzeciwiają się władzy Savanaroli. Asasyni decydują się usunąć z ulic miasta podżegaczy mnicha, co w ich zamyśle wywoła powstanie. Ezio odnajduje kolejno dziewięciu ludzi próbujących podporządkować tłum władzy samozwańczego proroka i morduje ich jednego po drugim. Mieszczanie gromadzą się na placu. Mnich wpada w ręce tłumu, a Ezio odzyskuje Fragment Edenu. Wkrótce pod Palazzo Della Signoria odbywa się egzekucja samozwańczego proroka. Asasyn lituje się nad Savanarolą i dobija go, gdy ten płonie na stosie. Następnie Ezio wygłasza do ludu Florencji płomienną mowę, wedle której powinni sami kierować swoim życiem, a nie podporządkowywać się obcemu wpływowi.